ישיבת אמי"ת 'בלבב שלם', היא ישיבה תיכונית שש-שנתית, שהוקמה בירוחם על ידי הישיבה בשנת תשס"ז, על ידי הרב יאיר יעקבי, ר"מ בישיבה בעבר – וראש הישיבה התיכונית בהווה, ובוגרים נוספים של הישיבה. זאת מתוך רצון לממש מסר חינוכי מרכזי בישיבה, לזיקה עמוקה לעם ישראל ולמעורבות הדדית בין הישיבה לקהילה בירוחם בפרט ובנגב בכלל.
הרצון לבנות את עולמם הרוחני של תלמידי הישיבה התיכונית בדמותה של הישיבה, ולהנחיל את הזיקה העמוקה לעם ישראל לתלמידים כולם, בא לידי ביטוי בהרכב התלמידים של הישיבה התיכונית, שהוא אינטגרטיבי בצורה מכוונת.
ישיבת אמי"ת 'בלבב שלם' ממוקמת בסמוך לישיבה, ותלמידים רבים מהישיבה התיכונית לומדים חברותא עם בחורים בוגרים מישיבת ההסדר. חיבור זה מקדם ומעשיר את עולמם הרוחני של התלמידים הצעירים, ומפגיש אותם עם דמויות המייצגות את אותו העולם הערכי של הישיבה התיכונית. עד היום, צוות הישיבה התיכונית מורכב ברובו מבוגרי הישיבה. בשנת תשע"ג עברה הישיבה לניהולה של רשת אמי"ת.
