במסגרת שנות הלימוד בישיבה משרתים התלמידים בצה"ל במסלול ההסדר. במסגרת המסלול, התלמידים לומדים כשנה וחצי בישיבה, יוצאים ממנה לפרק של שירות צבאי במשך שבעה-עשר חודשים, ושבים אל בית המדרש לעוד כשנתיים.

ההשתייכות למסלול זה משקפת את החשיבות שהישיבה מוצאת בנשיאה בעול התורה ובמאמצי החברה במדינת ישראל גם יחד; מתוך כך, הישיבה מעודדת להאריך את השירות הצבאי ולצאת לקורסי פיקוד, לתלמידים המוכשרים לכך. כך תכנית ההסדר מגשימה חזון של גידול תלמידי חכמים אחראים לעמם ולמולדתם, בד-בבד עם נאמנותם לה' ולתורתו.

לעתים הישיבה מאשרת באופן חריג מסלולים אישיים (ישיבה גבוהה, עתודה ואחרים). על כך יש לעדכן את ראשי הישיבה או הרמי"ם בראיון הקבלה.